Probela con motor MyISSAM en el Servidor

[gnzsoloyo]

Los errores que posteas son de PHP y no de MySQL en el sentido estricto.
Es evidente que el problema por un lado es que no estás controlando los errores que puedan suceder en tu script de PHP, lo que implica malas metodologías de programación.
Lo que también es muy probable es que esos errores se deban a problemas en la ejecución de las consultas en MySQL, pero es imposible saber exactamente cuáles son los problemas porque no te estás tomando la molestia de capturar los mensajes de errore devueltos por MySQL, lo que sería programar correctamente.
Por otro lado, no es cierto que no funcionen los JOIN con tablas MyISAM. No se donde leíste eso, pero es una burrada. El JOIN es parte del estándar de SQL, por lo que existe en todos los DBMS sin importar qué motor de tablas implementen. Lo que si puede suceder es que haya diferencias de versión entre la que usaste para desarrollo y la que tienen en el hosting, por lo cual en el hosting te estés topando con bugs solucionados, y viceversa.
En cualquier caso lo que deberías hacer sería:
1) Modificar los scripts de PHP para implementar la captura de errores devueltos por MySQL, y en general todos los errores posibles de tus procesos y funciones en ese lenguaje. O sea, usar buena metodología de programación.
2) Verificar cuáles son los errores que se están produciendo realmente, y bajo qué circunstancias.
3) Si el hosting que usas no te provee de soporte para tablas InnDB, cambia de hosting. Ese es muy "trucho", al decir de Argentina. Esto es así porque ningún hosting que se respete deja de dar soporte a InnoDB en MySQL, lo máximo que puede pasar es que no sea el motor de tablas por default, pero no pueden no tenerlo instalado y corriendo.