No tengo muy claro como lo he solucionado, con las pistas que me habéis dado, he aplicado dos cambios que me pueden haber ayudado:
- La subida en Filezilla ahora la realizo en formato binario. (no se si ha podido influenciar)
- He copiado todo mi código de la página que me estaba fallando en una pagina que tenia problemas de acentos (supongo que por el problema del utf-8, creo que está ha sido la solución)