Cita: le encontraba relacion con la velocidad de las bases de datos accediendo a un archivo...
Esa es parte de tu confusión: Las bases de datos no acceden a los archivos, sólo almacenan las rutas, pero jamás acceden directamente a los archivos. Esa es tarea de los sistemas operativos y los servidores Web que operan sobre ellos (el filesystem es parte del SO)
Cita: ok por lo que dices es como pensaba, no es lo mismo buscar un archivo entre 10.000 , a tener 100 directorios y en cada uno de ellos 100 archivos...
En realidad hay métodos específicos de los SO que los lenguajes de programación pueden usar para realizar esa tarea (VB.Net, por ejemplo, tiene un único método para resolver el barrido de todo el arbol de carpetas); además, si tienes la ruta, no necesitas leer nada, es acceso directo; por eso se almacenan en las tablas los nombres de los archivos con su ruta relativa.
En ese contexto, no hay
búsquedas en el sentido estricto de lo que piensas, los SO tienen sistemas de indexación para optimizar su trabajo, y que también almacenan las peticiones más habituales, por lo que en definitiva los accesos se aceleran.
En definitiva, el objetivo de crear un sistema de carpetas es crear un método de almacenamiento ordenado, comprensible y fácil de mantener, muchas veces ajustado a la temática que el site maneja para simplificar el sitio donde el archivo residirá. Estos esquemas de árbol, además, permiten que la longitud de las rutas sea corta, ya que rara vez llegan a tener más de cinco niveles, cosa que también ayuda a los sistemas de indexación.
Por lo demás, no se trata de un problema que te vaya a afectar demasiado, por lo que no creo que te debas preocupar más allá de lo aconsejable.