No estoy seguro que lo que estás preguntando sea editar, sino más bien hacer.
Eso se hace con mucha capacidad de dibujo. Una herramienta puede ser esta:
http://anime.smithmicro.com/
Y para editarlo puedes usar Premier, incluso Virtual Dub, Movie Maker...
Lo digo porque lo más elaborado de edición que tiene es una pequeña transparencia.