En efecto, eso pasa cuando has habilitado el paginado en el GridView, y la propiedad count del gridview cuenta los registros visibles en la página actual del GridView.
Se me ocurren tres cosas:
- Quitale el paginado al GidView.
- No te bases en el GridView para contar, sino que el DataSource: Int32 TotalFilas = e.AffectedRows;
- Crea una consulta que te cuente las filas.
Saludos...