En las páginas donde se debe mostrar el paginado, seguro tienes un llamado a esa función, fíjate si en archive.php, tag.php, en fin, esas páginas, si al final tienes un código así:
Sencillamente sustitúyelo por wp_pagenavi();, supongo que incluso, puedas eliminar ese código de tu archivo functions.php
Saludos.