Hola:
La opción fácil es que antes de cambiarle el color se lo pidas y lo guardes para luego poder reestablecerlo.
La otra opción es usar UIManager. Ahí se guardan, entre otras cosas, los valores por defecto de todos los componentes swing, incluido el color de fondo. Puedes pedirle a esa clase el color de fondo por defecto para poder reestablecerlo. La pega es que cada componente tiene su propio color de fondo por defecto (cajas de texto, botones, etc). Aquí puedes ver cómo hacerlo
http://chuwiki.chuidiang.org/index.p..._ventanas_java. En el ejemplo del enlace se usa para cambiar esos valores por defecto, tú sólo tendrías que obtenerlos con un get().
Se bueno.