Hola:
Tienes que distinguir dos cosas
Una es acceder desde tu entorno de programación a otros ficheros java montados en otro sitio y poder compilar.
La otra es que el programa una vez compilado (y generados los .class) sea capaz de acceder a otros .class de otro sitio.
Para lo primero, depende de qué estés usando para programar: eclipse, netbeans, o notepad compilando desde línea de comandos, ... Cada caso habría que configurarlo específicamente para la herramienta que uses. Puedes crear dos proyectos y hacer que dependan el uno del otro, puedes crear un solo proyecto y añadirle varios directorios de fuentes, puedes configurar el comando de compilado javac para que busque ficheros .java en varios directorios, etc, etc.
Si es el caso de ejecución (ficheros .class ya compilados), lo que hay que configurar es el classpath en el momento del arranque. Aquí puedes ver algo sobre ello
http://www.chuidiang.com/java/classpath/classpath.php
Se bueno.