Según dice aquí: [
http://codex.wordpress.org/wpdb] Cita: The $wpdb object can talk to any number of tables, but only one database: the WordPress database. In the rare case you need to connect to another database, you will have to instantiate your own object from the wpdb class with the appropriate connection details. For extremely complicated setups with many databases, consider using hyperdb instead.
Osea, la clase
wpdb puede interactuar con muchas tablas, pero una sola base de datos, la de Wordpress. En caso de que necesites conectar con otra base de datos, tendrás que inicializar tu propio objeto en la clase
wpdb con los parámetros de conexión adecuados. En caso extremo, tendrás que usar este plugin
http://wordpress.org/extend/plugins/hyperdb/
Saludos