Eso depende del sistema de archivos que estés usando (ext3, ext4, ReiserFS, XFS, ...). Cito a Wikipedia:
Cita: En ext3 el nivel de profundidad en subdirectorios permitido estaba limitado a 32000. Este límite ha sido aumentado a 64000 en ext4, permitiendo incluso ir más allá de este límite (haciendo uso de "dir_nlink"). Para permitir un rendimiento continuo, dada la posibilidad de directorios mucho más grandes, htree está activado por defecto en ext4. Esta función está implementada desde la versión 2.6.23. htree está también disponible en ext3 cuando la función dir_index está activada.
(Fuente:
http://es.wikipedia.org/wiki/Ext4#L....orios_superado)