Si quieres interactuar con las notificaciones del sistema operativo iOs me parece que tienes que pensar en realizar una app nativa. No te va a funcionar realizar simplemente una app en HTML5 pues se ejecutaría en el navegador y desconozco si se pueden manipular las notificaciones desde Safari. Tampoco he logrado encontrar información.
Esto es lo que encontré:
http://stackoverflow.com/questions/6...-mobile-safari