Consejo

[xlos_mas_pro]

Bueno si saves usar algun framaworks como codeigniter cakephp zend synphony o algun otro te aconsejo que hagas el proyecto con esos ya que casi todos vienen que artos sistemas de seguridad incluidos y con muchos puglin y librerias respecto a esto pero si usas php haci no mas desde cero podrias usar phpCipher o PHP Security, HIDE your PHP Source y PDO como dice uncontroled para mysql