Problemas con contador

[Xerelo]

Funciona y lo desarrollaste tú, que es lo que importa.

Otra forma

Código Javascript:

Scanner datos = new Scanner(System.in);
 
            System.out.print("Introduzca la sequencia de numeros 1,2 y 0 para terminar \n>");
            String secuencia = datos.nextLine();
            
            int longitud = secuencia.length();
            int sobran = longitud % 4;
            int ultima = 0;
            int entradas = 0;
            int salidas = 0;
            int errores = 0;
            String cuarteto  ="";
            
            if (longitud<5)
                System.out.println("Numeros insuficientes");
            else{
                
                ultima = longitud - sobran;
                
                for (int i=0;i<ultima;i=i+4 ){
                    
                    cuarteto = secuencia.substring(i, i+4);
                    
                    if(cuarteto.equals("1212"))
                        entradas++;
                    else if (cuarteto.equals("2121"))
                        salidas++;
                    else 
                        errores++;
                }
                
                
                System.out.println("Entradas " + entradas);
                System.out.println("Salidas " + salidas);
                System.out.println("Errores " + errores);
 

Ahora te falta probarlo con casos erróneos/raros, e ir corrigiendo el programa para que funcione siempre.