O no te he entendido bien o vas por un camino muy retorcido.
Para recuperar la secuencia que quieres analizar tienes dos opciones
1) Que se escriba toda seguida, y al pulsar enter la recuperas completa
como cadena, es lo más lógico teniendo en cuenta lo que quieres hacer.
2) Dígito + enter, dígito + enter..., y los vas uniendo en una sola String hasta que aparezca el 0. Para hacerlo así no puedes guardarlos directamente en un array a menos que conozcas la cantidad de números que se van a introducir.
Después partes esa cadena en subcadenas de 4, los guardas en un array y recorres el array comparando cada elemento con las secuencias que buscas.
http://download.oracle.com/javase/1....8int,%20int%29