Este plugin te ayuda a ver si una plantilla está infectada
http://wordpress.org/extend/plugins/antivirus/
Instalaste recientemente un plugin o theme que no haya sido descargado desde wordpress.org o algún otro sitio de confianza? Revisaste que no te hayan subido nada dentro de la carpeta uploads?
Aquí te listan los archivos mas comunes en donde suele ocultarse código malicioso
http://www.techno360.in/7-steps-to-r...ordpress-blog/
Verificá que tu PC esté libre de virus.