Yo lo que ví haciendo las pruebas es que no lograba ver el centrado perfecto con mi resolución (800x600) pero claro, es que el tamaño de la popup es muy grande para resolución de 800 (se come todo el area de visión).
Pero cambié la resolución a 1024 y entonces el centrado se veía perfecto.
La idea que tienes es que se vea a toda pantalla? o un popup centrado?
Por que si lo quieres a prácticamente toda la pantalla quizás se podría probar a dejar las posiciones top y left a 0 y darle el ancho y el alto relativo a la resolución
[me enspliqué?]