El problema es que los checkbox solo mandan informacion si son marcados, por lo que si no lo marcan no se manda el valor.
 
en general los checkox se usan para guardar datos en bases relacionales N:N 
o sea que el checkbox  contendria por ejemplo caracteristicas de dato insertado 
pongamo sun ejemplo 
peliculas y genero 
una pelicula puede ser de terror, pero tambien de fantasia y a lo mejor drama 
y otra pelicula puede tener las mismas caracteristicas y otras más 
asi vemos que en tu bd quedaria algo así  
 Código HTML:
 nombre_peli|genero
peli1      |terror
peli1      |fantasia
peli1      |drama
peli2      |terror
peli2      |fantasia
peli2      |drama
 y asi las guardas en la tabla relacional 
generos_peliculas por ejemplo 
de este modo si quieres saber todos los generos de pelicula2    
y te da el listado. 
así es como suele funcionar, no se si sea algo parecido a lo que búscas. 
si es asi, no necesitas guardar un cero para ver que no esta marcado el checkbox por que sería espacio inutilmente usado.