con ese css en FF e IE la altura es de 16px ya lo verifique, de allí que te aconseje revisar que tienes dentro de dicho elemento u otra regla css que pueda estar afectando.
de momento se me ocurre que tienes texto dentro y este tiene un interlineado superior a 16px prueba asignando
Cita: .clase {
background-color: red;
height: 16px;
width: 25px;
line-height:16px;
}