Muchas gracias, es que no controlo mucho de js y php estoy más familiarizado pero no soy un pro. Si que se que el php se ejecuta en el servidor y el javascript en el cliente, etc, pero el lenguaje en sí no.
Pero lo he solucionado!!
Código PHP:
nuevaCelda.innerHTML="<td><?php generaPaises('"+posicionCampo+"');?></td>";
nuevaCelda=nuevaFila.insertCell(-1);
nuevaCelda.innerHTML="<td><select disabled='disabled' name='piezas"+posicionCampo+"' id='piezas"+posicionCampo+"'><option value='0'>Selecciona opción...</option></select></td>";
nuevaCelda=nuevaFila.insertCell(-1);
nuevaCelda.innerHTML="<td><div id='pepe"+posicionCampo+"'>"+posicionCampo+"</div></td>";
Así funciona a la perfección, me va todo! Para el que no lo note he puesto unas comillas simples (') antes de las comillas dobles donde me daba el problema.
Muchas gracias, si alguien quiere los archivos de todo que me avise, pero la mitad no es de mi autoría, la otra mitad sí y muy contento estoy!