Esto es un ejemplo clásico de programación en paralelo.
Basado en tus post anteriores te recomendaría:
- Optimizar tu código.
- Usar opciones de programación en paralelo (subprocess, threads, etc...)
- Si estas trabajando con GUIs entonces haz un thread para ese proceso grande, para separlo del thread principal que se encarga de dibujar la interfaz gráfica.