Podés colocar un contador:
Código PHP:
Ver original<?php
$contador = 0;
query_posts($args);
if ( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post();
++$contador;
if ($contador == 1) { ?>
<h2><a href="#"><?php the_title(); ?></a></h2>
<?php the_post_thumbnail(); the_excerpt();
} else { ?>
<h2><a href="#"><?php the_title(); ?></a></h2>
<?php } endwhile; endif; ?>