Estrutura de paginas web

[masclet]

Entiendo que como estructuración te refieres a maquetación del diseño de la web. La mejor manera es trabajar con los divs y css. Yo no soy nada partidario de los frames, y el uso de flash lo veo como algo que se puede acomodar dentro del html en su justa medida.
Si también te refieres a arquitectura en cuanto a estructura, menús de navegacion con fácil acceso a los contenidos y páginas dinámicas con carga de datos.