Cita:
Iniciado por GatorV 
De hecho es lo más correcto, que todos los scripts PHP esten fuera del directorio webroot, así mitigas mucho los ataques que pueda sufrir tu sitio.
¿Que error te mostro?, con que indiques la ruta completa y correcta a include() debes de poder incluir, a menos que estes ejecutando PHP con safe_mode y open_basedir, con lo cual tendrás que pedir al hosting que te permita incluir archivos arriba del webroot.
Saludos.
Gracias por la atención.
Al servidor donde esta montada la aplicación no tengo acceso, sin embargo yo les comente a los administradores del mismo lo que quería hacer y ellos me dijeron que lo que podrían hacer es crear una carpeta en algún lado diferente al webroot y darme acceso por ssh.
El servidor esta en un sistema linux, asumo que centOS, pero no estoy seguro. Y la ruta de las carpetas seria la siguiente:
Ruta del sitio:
/var/www/nombre_del_sitio/mis_archivos
Ruta a la cual me dieron acceso en el server:
/home/nombre_carpeta/settings/mis clases php
Me ha resultado bien difícil acceder a esta carpeta con PHP, y la verdad, me entra la duda que con la organización que les mostré, se pueda acceder a ella.