Hola Metropolice:
Considerando que ya tienes tú perl instalado bien, y todos los permisos estan en orden, sólo se me ocurren algunas cosas que te pueden estar sucediendo:
- Tienes un error de sintaxis en el código. Quizá te convenga depurar tu script para ver si no tienes algun error por ahí de tecleo.
- Hace mucho tiempo era necesario que hubiera una linea en blanco después del encabezado de windows, recuerdo que hace mucho se había arreglado este bug pero quizá te esta sucediendo eso.
- Es muy común que cuando se hacen CGI's la gente se olvida de la linea -- print "Content-type: text/html\n\n"; --. Recuerda que siempre debes de utilizarla con los CGI's ya que si no te regresa un error pues el script no tiene nada que desplegar.
- Estas utilizando una funcion no permitida en Windows. Hay ciertas funciones de perl que fueron credas especificamente para UNIX y no pueden ser utilizadas en Windows, tal es el caso de flock().
Ojalá y alguno de estos punto logren que soluciones tus problemas.
Saludos