Al final lo he conseguido.
dejo la respuesta aqui para el que quiera.
La primera solucion que saque fue crear un solo sitio web.
cree tiendas diferentes, con sus respectivas vistas.
Despues vemos que en la plantilla por defecto, abajo nos viene un look and feel, lista desplegable, o como quieran llamarlo.
Bien si nos metemos en app/design/frontend/base/default/tamplate/page/switch/stores.phtml
ingresamos en el erchivo con tu editor de codigos favorito y cambiamos esta linea:
<div class="store-switcher">
<label for="select-store"><?php echo $this->__('Select Store') ?>: </label>
<select id="select-store" onchange="location.href=this.value">
<?php /*foreach ($this->getStores() as $_store): ?>
<option value="<?php echo $_store->getUrl('') ?>"<?php if($_store->getId()==$this->getCurrentStoreId()): ?> selected="selected"<?php endif; ?>><?php echo $_store->getName() ?></option>
<?php endforeach;*/ ?>
<?php foreach ($this->getGroups() as $_group): ?>
<?php $_selected = ($_group->getId()==$this->getCurrentGroupId()) ? 'selected="selected"' : '' ?>
<option value="<?php echo $_group->getHomeUrl() ?>" <?php echo $_selected ?>><?php echo $this->htmlEscape($_group->getName()) ?></option>
<?php endforeach; ?>
</select>
</div>
POR ESTA:
<div class="store-switcher">
<ul>
<?php foreach ($this->getGroups() as $_group): ?>
<li>
<?php if (($_group->getId()==$this->getCurrentGroupId())) : ?>
<?php echo $this->htmlEscape($_group->getName()) ?>
<?php else: ?>
<a href="<?php echo $_group->getHomeUrl() ?>"><?php echo $this->htmlEscape($_group->getName()) ?></a>
<?php endif; ?>
</li>
<?php endforeach; ?>
</ul>
</div>
y veremos en la parte inferior que ya nos sale como una lista horizontal.
Bien ahora lo que hay que hacer es irte a tu plantilla por defecto, buscar donde esta alojada la lindea de codigo que llama a la lista de las tiendas. O bien creamos una funcion para que llame a la lista de tiendas y se la damos a la posicion que deceamos.
Otra opcion es crear links en la cabecera con la url de cada tienda (mucho mas facil).
En fin, tampoco era tan dificil, y eso que soy novato...
Un saludo.