Hola Elig:
He visto la página, y lo único que se me ocurre, es poner el script después de la definición. o hacer un retardo para ese caso:
else setTimeout('document.getElementById("serie1").styl e.MozOpacity = alfa / 100', 100);
Creo que el alert, lo único que hace es retardar la instrucción siguiente, dando tiempo a que se cargue toda la página (y el elemento serie1...
En el ejemplo puse un retardo de 100 milisegundos, que creo que son suficientes.
Esperemos que solo sea eso...
Saludos