Esto del mod_rewrite creo que es más intuición que ciencia, o al menos así me lo da a entender la dispersa información que he encontrado. En mi opinión, es una herramienta útil e indispensable y que debemos usar, y a falta de conocimientos exactos, mediante prueba y error, almenos así lo he hecho yo!
Aunque estoy convencido que se puede hacer lo que comentas, nunca lo he hecho por lo que no te puedo dar un respuesta que sepa que funcione, pero creo que el secreto está en el uso de RewriteCond. Si como condición pones que la url no puede ser la carpeta de experimentos, cuando entres a esta carpeta no te debería aplicar la regla:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^(/Experimentos/)
RewriteRule ^(.+) website/$1 [NC, L]
No estoy muy seguro de la sintaxis, por eso. Otra opción es usar como condición que el fichero o directorio exista o no exista, creo que se hace con: !-f, -f, (is a regular file) !-F o -F (existing file). O bien con !-d o -d para referirse a directorios, o -U o !-U (existing url).
Esto de la -f es algo que alguna vez encontré por ahí, ahora buscando he encontrado la siguiente página donde explican algo sobre esto:
http://www.askapache.info//2.3/mod/m...ml#rewritecond
Suerte!