Cita:
Iniciado por IsaBelM 
justamente puede usar tu primer código pero en lugar de document.getElementById("dia[<? echo $user->sucursal; ?>]") , que no te retorna la colección de elementos del formulario, usa document.formulario.elements que te retorna la colección con todos los controles del form
Si, justamente, dependera de que estructura halla utilizado. ciertamente es mas prolijo la forma de acceder que indicas.