Lo he solucionado haciendo que la capa fija esté oculta y se muestre cuando se detecte que se ha hecho scroll y se ha llegado hasta una coordenada determinada. Además le he añadido un efecto de aparecer y desvanecer.
Me he valido de este ejemplo:
http://theproc.es/2010/6/18/22879/un...oll-con-jquery