en el primer problema no parece que esté implicado javascript
con respecto al segundo
Cita: function clone(sel){
var clonedTable = sel.cloneNode (true);
clonedTable.id = "";
clonedTable.name="seleccionarCliente[]";
var container = document.getElementById ("container");
container.appendChild (clonedTable);
document.getElementById ("j").value = parseInt(document.getElementById ("j").value) + 1;
}
<select name="seleccionarCliente1" size="1" id="select" onchange="javaScript:clone(this)" >
<input type="text" name="j" id="j" value="1">