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Cuando inicié con una de mis web, coloqué un código de ajax y este estaba siendo indexado, era un slide, y mostraba 3 publicaciones, luego al hacer click en la imágen mostraba 3 más.
Estas paginas que mostraban las publicaciones estaban siendo indexadas, claro, el código de ajax era algo sencillo, por lo que creo que quizás google ya viene trabajando con ajax, pero con sus fallas de reconocimiento.
Pero lo de javascript, ya es cómo que bastante,
es decir, los que utilizamos javascript para evitar que google siga ciertos enlaces? porque el atributo nofollow ya no es que sirve para mucho.
Por otra parte, de cara al posicionamiento debería ser muy bueno, seguir las direcciones de javascript caería de pelos y hay paginas que las aplican para no ceder enlaces y figurarlas cómo redirecciones 301.