Hola dobled.
No estoy seguro de si quieres cerrar la ventana principal desde el popup o si solo deseas cerrar el popup cuando ya has actualizado. Por lo tanto te he puesto ambas cosas.
Código PHP:
<html>
<head>
<script language="JavaScript">
function cierra(){
// La siguiente línea sirve para cerrar la ventana madre
opener.close();
// La siguiente línea sirve para cerrar la ventana actual
close();
}
</script>
</head>
<body>
<form name="frm">
<input type="button" name="btn" value="cerrar" onclick="cierra">
</form>
</body>
</html>
Saludos.