Pues depende del reproductor que uses igual y hay una opción. Mirando el sitio parece que CB Player usa jwplayer, y encontré este link:
http://www.longtailvideo.com/support.../6246/add-logo Tendrías que verte la documentación de ambos.
Otra opción es incrustarlo directamente el vídeo.
Por cierto. Muevo tu tema al foro de diseño Web.
Saludos
