Hola:
Puedes cambiar los permisos de los CGi's si eso es lo que buscas con otro CGI (redundancia?)
Te voy a explicar la solucion que se me ocurre:
1. Crea un CGI que lea en tu directorio o directorios todos los archivos que terminen en .cgi o .pl
2. Haces un loop por cada archivo y puedes usar la función de chmod() para cambiar el permiso.
Te voy a poner un ejemplo de un script...
Código:
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
my $dir = "/home/user/public_html/"; #Pon el directorio que quieres leer
#LEEMOS EL DIRECTORIO
opendir (DIR, $dir);
my @files = readdir(DIR); #Salvamos los nombres en un array
closedir(DIR);
#Iniciamos el loop
foreach my $file(@files){
next if $file =~ /^\.\.?$/; #Vamos al siguiente archivo si es . o ..
next if $file !~ /\.pl$/i; #Siguiente archivo si no termina con .pl
next if $file !~ /\.cgi$/i; #Siguiente archivo si no termina con .cgi
chmod(0755, "$dir" . "$file"); #Cambiamos el permiso
}
exit(1); #Terminamos el proceso
Nota: Not uve chance de probar el código pero debe de funcionar
No se si sea esto lo que necesitas, pero por lo que entendi tu problema era en cambiar los permisos.
Saludos