Hola,
Creo que NetBeans no tiene esa característica por defecto, aunque posiblemente exista un plugin u otro método que no conozco. Para realizar este procedimiento en NetBeans tendrías tres opciones:
1. Modificar los scripts de Apache Ant, que es el método por defecto que usa NetBeans para construir los proyectos, así como se indica en este blog
http://joshuaborn.info/blog/cb49
2. Utilizar Apache Maven como tipo de proyecto, cuando creas un nuevo proyecto NetBeans te permite seleccionar el tipo de proyecto. Si el proyecto es tipo Maven al construir el proyecto por defecto está todo en un solo Jar. Sino investiga sobre el plugin de Maven llamado Assembly.
3. Descomprimir los archivos jar (mysql, etc.) en la misma carpeta del proyecto en /src/, como son archivos .class los incluye automáticamente dentro del jar. Dejando una estructura parecida a esta:
Código:
/src/org/myfiles/...
/src/org/mysql/...
Donde /org/myfiles/ es donde esta tu programa y al mismo nivel las otras librerías (mysql, etc.) ya compiladas en .class
Saludos,