Hola:
La respuesta es simple, no debes usar document.write() a no ser que sea para incrustar algo que se quedará luego de forma estática, si lo usas con la página ya cargada hace lo que representa o sea escribir en el documento... y machaca el contenido anterior.
Puedes usar el DOM, y lo más sencillo son campos de formularios o innerHTML.
Saludos
