Pues es lo mismo, no hay algo que debas usar. Es parte de la creatividad para hacer el diseño. Por ejemplo
Smashing Magazine es la estructura básica, dos columnas con contenido a la izquierda, header ¿rectangular? (no entiendo que te refieres con la forma del header). Por otro lado a mi me gusta la portada de
Maestros del Web. El cuál tiene un contenido destacado y varias columnas, sin sidebar.
No es que uno sea mas correcto que el otro.
Saludos