En Adsense está completamente prohibido añadir popups.
Yo añadiría el banner de arriba de 728 debajo del menú, entre el menú y el título o debajo de este. El bloque de enlaces de las noticias lo convertiría en un bloque de anuncios, pon la imagen más abajo. Tienes que hacer pruebas con los tamaños, la ubicación y la cantidad de anuncios hasta encontrar el punto óptimo.