si tu objetivo es optimizar el código, lo más recomendable es utilizar un mecanizmo de caché, como APC, xcache, iacelerator, zend optimizer, etc.
éstos sistemas cachean tu php a nivel de bytecodes (o similar) e incrementan considerablemente el rendimiento de php, obviamente ellos omiten los comentarios y lo mejor es que lo hacen si alterar tu fuente
