primero debes entender que lo que usas son herramientas dirferentes pero unidas en un solo gui (graphic user interface)..... primero, para el manejo de datos desde el SqlEditor es directa, puesto que necesitas estar conectado a un servidor para realizar los cambios o simplemente verlos. el otro es la herramienta de modelado de workbenck, en esta herramienta puedes diseñar tus MER de muy buena manera, esta herramienta puede trabajar offline (sin servidor), ahora bien para que los cambios se reflejen en tu BDD debes sincronizar la BDD con el Modelo (Ctrl+Shift+Z), de este modio los cambios se envian a la BDD.
creo que por aca te puedes enterar de mas cosas
http://www.mysql.com/products/workbench/
saludos