MySQL eliminar últimos 2 carácteres de una cadena

[Sirrohan]

Código PHP:

      $hora1=substr($resultado["entrada"],0,-2);  //<--- Esta variable....
             $data[] = array_merge($datatmp, array('id'=>$ixx));//<--- .... la variable $hora1 tiene que mezclarse aquí 
   

Deberías hacer algo así

Código PHP:

            $datatmp["entrada"]=substr($datatmp["entrada"],0,-2);//modificas la cadena de caracteres con la misma variable
          $data[] = array_merge($datatmp, array('id'=>$ixx));//y luego unes al array