Hola, si tienes asociada la carpeta y el user mediante base de datos, lo que veo es sencillo, leer el directorio de carpetas y luego comparar con la base de datos
podrias leer el directorio completo , una vez leido (lo almacenas en array) , vas a tú base de datos y empiezas a igualar , si esta se queda la carpeta , en caso contrario se elimina, lee la siguiente información:
Eliminar Carpeta Leer Directorio De Carpetas
Saludos
