Hola cgpampa,
Si lo que necesitas es comprobar links muertos, puedes usar sitios para ello, como:
http://validator.w3.org/checklink http://sitereportcard.com/
Si lo que quieres es saber exactamente que cuales archivos no se usan de un directorio específico, yo te recomendaría que uses un editor que te permita hacer búsquedas en todos los documentos de un folder específico.
Por ejemplo Texpad te permite buscar un texto X en todos los documentos de un folder, entonces puedes buscar por ejemplo "archivo.php" en todos los documentos, y así sabrás si en algun archivo se utiliza.
Espero te sirva.
Saludos!