Cita:
Iniciado por loluchis 
en este caso necesitaria un fichero por cada directorio?
es Deny from all
jaja
y creo que si necesitas un .htaccess por cada directorio que quieras proteger
o si e sun archivo
lo haces usando una ruta relativa al fichero
Código Apache:
Ver original<Files "config.php">
Order Allow,Deny
Deny from All
</Files>