Hola:
Para las tres ventanas modales hay una sintaxis... para el alert, el único parámetro es el mensaje; para el confirm lo mismo; y para el prompt hay un segundo parámetro con el texto que aparecerá por defecto en la ventana... si es otra cosa lo que quieres, no estás tratando con las verdaderas ventanas modales (tal vez no estés correctamente informado).
Saludos
