Consulta para tres tablas

[gnzsoloyo]

Partamos de un detalle: LEFT JOIN se usa cuando quieres obtener todos los datos de la primera tabla, tengan o no coincidencias con la segunda. Esto, en tu caso, no parece ser correcto, por cuanto se presupone que todas las escuelas tiene grupos y todas tienen alumnos. En ese contexto, se debería usar INNER JOIN y no LEFT JOIN.
Suponiendo que pueda haber escuelas con cero grupos, el uso de LEFT JOIN podría ser correcto, pero eso lo debes plantear desde el principio.
Ahora bien, para obtener el resultado lo que debes lograr es contar todos los grupos diferentes, y eso no lo estás indicando. Por otro lado, contar la cantidad de alumnos, sin discriminar por grupo, no requiere hacer una consulta combinada, ya que de ese resumen sólo se requieren el ID de la escuela y la cantidad de alumnos.

En otras palabras, debes replantear la lógica de la consulta.

Si esto devuelve los alumnos por escuela:

Código MySQL:

SELECT idcct, COUNT(idalumno) cantAlumnos
FROM  alumnos 
GROUP BY idcct
 

Y esto la cantidad de grupos, suponiendo que los nombres o ID de grupos son iguales entre diferentes escuelas:

Código MySQL:

SELECT E.idcct, COUNT(DISTINCT G.idgrupo) cantgrupos
FROM enlbhct E LEFT JOIN grupos G ON E.idcct = G.idcct
GROUP BY E.idcct
 

Entonces esto debería devolverte lo que quieres:

Código MySQL:

SELECT 
    E.idcct, 
    cantAlumnos, 
    COUNT(DISTINCT G.idgrupo) cantgrupos
FROM 
    enlbhct E 
    LEFT JOIN 
    (SELECT idcct, COUNT(idalumno) cantAlumnos FROM  alumnos GROUP BY idcct) A 
    ON E.idcct = A.idcct 
    LEFT JOIN grupos G 
    ON E.idcct = G.idcct
GROUP BY E.idcct
 

Podría escribirlo así:

Código MySQL:

SELECT 
    E.idcct, 
    COUNT(DISTINCT A.idalumno) cantAlumnos, 
    COUNT(DISTINCT G.idgrupo) cantgrupos
FROM 
    enlbhct E 
    LEFT JOIN 
    alumnos  A ON E.idcct = A.idcct 
    LEFT JOIN 
    grupos G  ON E.idcct = G.idcct
GROUP BY E.idcct
 

Pero no estás aclarando si los ID de alumnos se reinician en cada escuela o son únicos para todas las escuelas, y eso puede afectar el resultado.