Establecer una accion al cerrar la ventana

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Perdón pero mal interpreté lo que me mandan a hacer, ahora es lo contrario.

Necesito que haya persistencia de datos, ahora cuando abro el programa, crea una nueva matriz sin ninguna palabra seleccionada.
Esto pasa porque tengo un método que lee la matriz de un archivo "sopa.txt" cada vez que se abre el programa, entonces las modificaciones se hacen utilizando esa matriz que se creo con el contenido de sopa.txt, pero se guarda en asopao.txt.

Pero entonces, cuando se abre el programa nuevamente se crea una nueva matriz con lo que tiene sopa.txt (que es la matriz original, o sea sin nada entre corchetes) y como asopao se modifica a partir de la matriz que se crea con sopa.txt, entonces vuelve a ser una matriz sin las palabras que tenía entrecorchetes. ¿me explico?