Se denominan genéricamente "herramientas CASE", y hay decenas de ellas, que pueden trabajar con diversos DBMS porque cuentan con conectores para ellos.
En el caso de MySQL, todas las CASE operan con él usando en conector ODBC o bien el MySQL ODBC Connector, que puedes descargar de la página oficial.
Además, y yendo al punto, MySQL tiene su propia herramienta: MySQL Workbench, que no sólo sirve para diseñar bases. Está también en la web oficial (
www.mysql.com).