si es la mejor forma tener la funciones organizadas en un fichero pero no traerlas innecesariamente ... pensándolo desde ese punto si en un script usas solo 1 función para que vas a incorporar a 50 ...
yo uswo este sistema
Cita: funciones/
func_all.php
func1
func2
func3
func4
en func_all cargo todas en caso de requerir incluir muchas llamo a ese fichero en caso de requerir una sola llamo a func1 por ejemplo