Pasar una variable de un while en php a javascript

[SirDuque]

Si no mal entendi queres hacer esto:

Código HTML:

<script type="text/javascript" src="./archivo.js"></script>
 

y dentro del archivo.js las funciones incluyendo PHP.
Pero:
El Servidor Apache no va a leer las entrelineas PHP dentro de un archivo JS
Para que esto funcione, tendrias que crear un archivo PHP con los script. y en ves de llamar al JS incluirias el archivo PHP.
Con:

Código PHP:

  <?php include('./archivo.php'); ?>